Para viajar en tren, Nueva York cuenta con dos estaciones principales. A Gran Central Terminal llegan los trenes de cercanías procedentes de la periferia y de Connecticut, mientras que Pennsylvania (Penn) Station es la terminal de los trenes procedentes del resto de los Estados Unidos y Canadá.

Penn Station se encuentra entre las avenidas Séptima y Octava y las calles 31 y 33, es una moderna estación construida bajo el complejo de Madison Square Garden. Desde está estación se puede ir con los cercanías a Nueva Jersey y Long Island o más lejos con los trenes Amtrak. Sólo es posible reservar en los trayectos de larga distancia; además los trenes de cercanías no suelen llevar vagón –restaurante, así que resulta conveniente comprar antes la comida.

Los trenes PATH operan las 24 horas del día entre las estaciones de Nueva Jersey (Harrison, Hoboken, Jersey City y Newark) y Penn Station en Manhattan. También tienen paradas en Christopher Street, el Word Trade Center, la Novena Avenida, las calles 14 y 23 y la Avenida e las Américas.

Gran Central Terminal está en Park Avenue, entre las calles 41 y 42, es la principal estación para los trenes de cercanías que circulan hacia el este y norte de Nueva York, y llegan a Connecticut y Westchester Country. Desde Gran Central se puede viajar a lugares como el Bronx Zoo, el New York Botanical Garden o la propiedad Hyde Park, que perteneció al presidente Franklin Roosvelt.